過量的氮、磷等污染物的輸入會導致淡水水體及沉積物受污染，進而導致水體環境惡化；我國城市水體及沉積物中的氮和磷經多年累積，已經是水體內源污染的主要來源之一近年來水體及沉積物內部污染物負荷的控制越來越受到關注。疏浚清淤可以快速將受污染的沉積物從水體中清除，但同時存在成本較高、清淤過程污染物釋放難以控制、噪聲大、水體斷面水位下降、底棲生物減少、有毒物質可能釋放到上覆水域以及疏浚物料難以處置等問題化學修復雖然見效快、費用低，但由于藥劑投加過量現象時有發生，容易引起水體的二次污染。
水生植物因具有生態幅寬、易繁殖、生長快、較其他植物更加適合污染底泥修復的生物學特性，經常被用于水體底泥修復。沉水植物具有可以降低水體營養物質質量比、促進懸浮物的沉積、提高污水自凈能力等諸多優勢，研究表明苦草可以通過根系覓食來滿足其養分需求，同時改善底泥性狀使其成為更適合植物生長的生境。沉水植物（苦草）通過根際干擾可改變沉積物中的微生物群落結構，通常在采用沉水植物進行生態恢復的第一年，水體底質就會有明顯改善并有不同的微生物群落形成沉水植物由于長期浸泡在水中，可以直接吸收溶解氧等營養物質，為魚類提供食物并成為藻類的附著基質，YunCao等通過測定了不同水深條件下苦草的丙二醛、超氧化物歧化酶、過氧化物酶、過氧化氫酶、葉綠素和可溶性蛋白含量及根系活力，證實了苦草在水深低于120rm的環境下生長良好，超過此深度就顯示出明顯的衰老或死亡跡象。此外，沉水植物還通過光合作用產生氧氣，增加溶解氧，吸收、沉淀、富集水體中的氮、磷叩。
底泥是水體中主要的內源污染源之一，然而目前關于沉水植物的報道大多是圍繞水質改善、水體中污染物去除等內容開展的，對于底質影響的報道不多。